La Casa Aimé Bonpland jouxte la Plaza Mayor de l’ancienne réduction jésuite de Santa María de Fe, située dans le département des Misiones, au sud du Paraguay. La réduction fut édifiée par les missionnaires en 1647 et fait maintenant partie de la "Route Jésuitique".

À Santa María de Fe, peu de connaissances perduraient du séjour d’Aimé Bonpland et de ses échanges avec les habitants. Jouxtant la Plaza Mayor, un édifice historique ayant appartenu à l’école jésuite tombait en ruines. Poussés par la nécessité de le restaurer et de restaurer en ce lieu la mémoire du scientifique français, Denis Vène et Laurence Graffin-Vène acquièrent le bâtiment, son jardin attenant et commencent à le restaurer en 2008 avec l'aide de Koki Ruiz et d'Isabelino Martínez Galiano.

Suite à des accords de coopération avec le gouvernement du département de Misiones, la municipalité de Santa María de Fe, le Muséum d’Histoire naturelle de Corrientes, la municipalité de La Rochelle, les Ministères de la Culture et du Tourisme du Paraguay ainsi que le Centre culturel de la République du Paraguay, l’inauguration de la Casa Aimé Bonpland a lieu le 25 juin 2015.

Le but de cette "Maison" est d’être non pas un musée figé mais un lieu amplement ouvert à la jeunesse dans lequel se parler, apprendre, écouter et voir comment vivait Bonpland et la population, un lieu aussi où montrer la culture des plantes médicinales et locales.

Pour cela, le jardin et la Casa sont entretenus par les élèves de l’ Instituto técnico superior en tecnología de alimentos sous la direction d’Erma del Puerto. Cet institut technique a pour objet la recherche et le développement dans le domaine agroalimentaire selon une éthique respectueuse de l’environnement.

Le 29 juillet 2021, par la résolution n° 335 du Secrétariat National de la Culture de la République du Paraguay, la Casa Aimé Bonpland est déclarée Bien de Valeur Patrimoniale Culturelle par la République du Paraguay grâce au travail mené par l’architecte Sonia Ibañez.